Magyarország talán leggazdagabb vidéki múzeumában a középkori magyar és európai művészet jelentős kincsei találhatók, a festménytára lenyűgöző.
A múzeum anyagát Simor János bíboros hercegprímás magángyűjteménye alapozta meg (1875) középkori és XIX. századi magyar, itáliai reneszánsz, valamint német és osztrák barokk festményekkel. Ez később tovább gyarapodott középkori felvidéki szobrokkal, festményekkel, XIII-XV. századi itáliai, osztrák és német táblaképekkel, falikárpitokkal, csomózott keleti szőnyegekkel, habán kerámiákkal, porcelánokkal.
A múzeumban ma több mint 10 ezer képző- és iparművészeti alkotást őriznek. Jelentős a grafikai, az érme- és a mintegy 2000 tárgyból álló vallásos néprajzi gyűjteménye. Kiemelkedő értékei közé tartozik a garamszentbenedeki úrkoporsó, MS mester passióképei és Hans Memling Fájdamas Krisztusa (1490 után).
Kerekesszékkel csak a földszinti, időszaki kiállítástermek látogathatók.
A kiállítás elején bemutatott középkori magyar művészet kincsei közül itt található többek között: Kolozsvári Tamás 1427-es Kálvária oltára, MS mester passióképei (Krisztus az Olajfák hegyén, Keresztvitel, Krisztus a kereszten, Feltámadás - 1506) és a híres garamszentbenedeki úrkoporsó (1480 körül). Hajdanán a nagyhéten jelképesen ebbe temették a keresztről leemelt Krisztus-szobrot, majd a feltámadási körmenetben üresen húzták körbe a templomban. Felső, templomformájú részét a tizenként apostol szobra díszíti, alul a szimbolikus szarkofágon többek között a szent sír alvó őrkatonái láthatók.
E műveket a rendkívüli gazdag külföldi gyűjtemény követi, ahol számos középkori osztrák és német műremek, valamint több mint száz itáliai festmény szerepel. Ez utóbbi gyűjtemény legértékesebb darabjai a Duccio (Siena, 1255 k.-1319) köréből származó Jeremiás próféta és Gianpietrino (működött 1495-1549 között Milánóban) Madonna-képe.
Jelentős a XV-XVI. századi németalföldi gyűjtemény is: itt látható a neves bruggei, XV. századi festő, Hans Memling Fájdamas Krisztusa (1490 után), Jan van Hemessen 1553-ra datált Keresztet vivő Krisztusa, melyek a múzeum legnépszerűbb képei közé tartoznak.
Egy terem a német és osztrák barokk festészetnek és szobrászatnak ad otthont. Legimpozánsabb festménye az Utolsó vacsora a számtalan magyarországi olajfestményéről és freskójáról ismert ausztriai Franz Anton Maulbertsch műhelyéből került ki (1760 k.).
Az úgynevezett Gobelin-terem XV-XVII. századi flamand szövött kárpitjai közül a legkorábbi a tournai-i Kálvária-kárpit. A múzeum legkiemelkedőbb új szerzeménye, az 1998-2000 között, Szent István tiszteletére szőtt Millenniumi Falikárpit is itt kapott helyet. Ebben a teremben a múzeum rendszeresen tart hangversenyeket és művészettörténeti előadásokat.
A múzeumi látogatás a többségében iparművészeti tárgyakat bemutató vitrinfolyosóval zárul. Az egyik oldalt végig az Ipolyi Arnold által gyűjtött régi keleti szőnyegek foglalják el. A másik oldalon először néhány görög-krétai, orosz, szerb ikon tekinthető meg. A profán használatú elefántcsont és ötvös tárgyak után a már említett San Marco porcelángyűjteményből válogatott darabok láthatók.
Simor János (1813-1891) bíboros hercegprímás 1875-ben megnyitotta magángyűjteményét a nagyközönség számára a Bibliothéka első emeletén, és ezzel megalapította a később Keresztény Múzeum néven közismertté vált intézményt. Célja az volt, hogy az egyház papjait és híveit bevezesse a régi korok művészetébe és egyúttal nevelje ízlésüket. A műbarát közönség az első években mintegy kétszáz középkori és XIX. századi magyar, itáliai reneszánsz, valamint német és osztrák barokk festészeti alkotásban gyönyörködhetett. A gyűjteményt 1882-ben az újonnan elkészült prímási palotában, a Lippert József tervei szerint átépített és kibővített volt jezsuita kolostorban helyezték el.
Simor bíboros anyaga 1920-ban bővül újra jelentős mértékben, amikor Ipolyi Arnold (1823-1886) nagyváradi püspök hagyatéka megérkezett Esztergomba. A tudós főpap gyűjteményéhez számos, a középkorból származó, felvidéki szobor és festmény, XIII-XV. századi itáliai, osztrák és német táblakép, németalföldi falikárpit, csomózott keleti szőnyeg és habán kerámia tartozik. Új kiállító termek is létesültek a szerzemények bemutatására: az addigi főhercegi lakosztályt adta át az akkori érsek a múzeum számára. Nákó Miléva, a magyar származású San Marco hercegné még életében a múzeumra hagyta értékes képzőművészeti és porcelángyűjteményét, amely 1925-ban került Esztergomba. 1944-től 1954-ig a múzeum zárva volt. Működését 1954-ben kezdte meg újra, immár a régészeti tár nélkül.
Kedves múzeumom.